TRAMANell'ipotetico anno 2065, la Terra è infestata dai
Phantoms, una misteriosa forma di vita aliena che a contatto con gli umani può estrarre, consumare e apparentemente dissolvere la loro anima. Le persone restanti, vivono in città protette da barriere sparse nel mondo. La scienziata
Aki Ross, perseguitata da sogni ricorrenti, è impegnata nella ricerca insieme al
Dr. Sid, suo mentore, di otto forme di vita che secondo la loro teoria possono contenere uno spirito. Questi spiriti, una volta uniti, sarebbero la chiave per annientare i Phantoms. Contagiata anche lei da quest'ultimi durante uno dei suoi esperimenti, grazie all'aiuto del "quinto spirito", riesce miracolosamente ad isolare l'infezione temporaneamente. Aki si unisce poi ad una squadra militare chiamata Deep Eyes e capitanata da
Gray Edwards, il quale era una volta innamorato di Aki. Il gruppo, si vedrà costretta ad andare contro la volontà del generale Hein, quando questo opta per una soluzione drastica che potrebbe danneggiare o distruggere completamente il pianeta.
Final Fantasy: The spirits whitin
